Mục tiêu của dự án là tăng cường chuyển giao, triển khai và phổ biến các công nghệ và phương pháp thực hành phát thải ít carbon để giảm thiểu phát thải khí, các chất ô nhiễm hữu cơ khó phân hủy (POP) và các chất ô nhiễm nước cũng như nâng cao hiệu quả sử dụng nước và quản lý tốt hóa chất tại các khu công nghiệp (KCN).
Dự án được cơ cấu thành 4 hợp phần kỹ thuật. Trong đó, hợp phần 1 sẽ hoàn thiện chính sách và hướng dẫn giúp chuyển đổi KCN thành khu công nghiệp sinh thái (KCNST); hợp phần 2 sẽ tăng cường năng lực xây dựng chiến lược và biện pháp cho KCNST; hợp phần 3 sẽ xác định các dự án thí điểm về KCNST và hợp phần 4 sẽ thực hiện các dự án thí điểm này tại các KCN và cộng đồng xung quanh nhằm phổ biến thông tin liên quan.
Trong khuôn khổ dự án, 3 KCN ở 3 địa phương cũng được lựa chọn phát triển thành KCNST, bao gồm: KCN Khánh Phú tại tỉnh Ninh Bình; KCN Hòa Khánh, TP Đà Nẵng và KCN Trà Nóc 1&2 TP Cần Thơ. Các KCN này sẽ được tham gia các khóa đào tạo về sản xuất sạch hơn, được hỗ trợ tư vấn đổi mới công nghệ để sử dụng tiết kiệm năng lượng và giảm chất thải ra môi trường.